De acordo com o Decreto nº 50.667/2006, em seu Artigo 5º – “Estão sujeitos à cobrança todos os usuários que utilizam os recursos hídricos superficiais e subterrâneos”. Atualmente, os usos com finalidade Irrigação, Rural, Psicultura e Dessedentação Animal não são passíveis de cobrança no Estado de São Paulo. Além disso, captações subterrâneas com vazão de até 15m³/dia e captações superficiais e lançamentos superficiais com vazão de até 25m³/dia, independente da finalidade do uso, não são passíveis de cobrança. 

Conforme disposição legal, a cobrança possui destinação definida, e deve ser aplicada nos planos e programas aprovados nos Planos de Recursos Hídricos pelo respectivo Comitê da Bacia Hidrográfica onde foram arrecadados os recursos, o que a difere do imposto que, conforme previsto na Constituição Federal, não possui destinação pré-definida e sua arrecadação faz parte das receitas derivadas do Estado. Também não pode ser considerada como “taxa”, pois não está relacionada com a prestação de serviço público e nem como a “tarifa” cobrada das companhias de água pelo serviço prestado pelo tratamento e distribuição aos consumidores finais. Assim, a cobrança se trata de uma remuneração pelo uso de um bem público, cujos mecanismos e preços são fixados a partir de um pacto entre os poderes públicos, os setores usuários e as organizações civis representadas no âmbito dos Comitês de cada Bacia, por isso é considerada um preço público que é pago pelo uso de um bem público, e enquadra-se como um instrumento econômico no âmbito do princípio usuário-pagador. 

As Bacias PCJ abrangem dois Estados, São Paulo e Minas Gerais, e por isso, possuem corpos hídricos que são de dominialidade de um Estado ou de outro, de acordo com sua localização. Os rios que cortam os dois Estados são de dominialidade da União. A Cobrança nas Bacias PCJ, portanto, é subdividida em três dominialidades: Estadual Paulista, Estadual Mineira e Federal. A Cobrança Estadual Paulista é realizada pela Agência das Bacias PCJ, enquanto a Cobrança Estadual Mineira é de responsabilidade do Instituto Mineiro de Gestão das Águas (Igam) e a Cobrança Federal, é de responsabilidade da Agência Nacional de Águas (ANA). 

Os mecanismos de cálculo estão estabelecidos na Deliberação nº 48/2006 dos Comitês PCJ e no Decreto Estadual nº 50.667/2006. Os valores atuais dos Preços Unitários Básicos (PUBs) foram estabelecidos pelo Decreto nº 61.430/2015. 

Os PUBs são multiplicados por coeficientes ponderadores, conforme definido no Decreto nº 50.667/06, que possuem pesos atribuídos pelos Comitês PCJ de acordo com as características específicas de cada uso da água. A partir da multiplicação dos PUBs por esses diversos coeficientes, obtém-se o PUF – Preço Unitário Final, de cada parâmetro – Captação, Consumo e Lançamento de Esgoto. Por sua vez, os PUFs são multiplicados pelo volume total anual de água bruta captado, pelo volume de água bruta consumido e pela carga orgânica total anual do efluente lançado. 

Um dos objetivos da Cobrança é obter recursos financeiros para a gestão da bacia hidrográfica onde seus valores foram arrecadados. No caso dos valores arrecadados coma a Cobrança Estadual Paulista, até 10% do total desses recursos serão utilizados no pagamento das despesas com o custeio da Agência das Bacias PCJ e no mínimo 90% são investidos em estudos, programas, projetos e obras indicados no Plano de Recursos Hídricos das Bacias PCJ, de acordo com as diretrizes estabelecidas no plano de aplicação, ambos aprovados pelos Comitês PCJ.